Los reptiles mudan periódicamente la piel (ecdisis), y este proceso está influenciado por factores nutricionales, ambientales (luz, temperatura o grado de humedad), edad, estado reproductivo, etc. La principal patología cutánea en los reptiles está relacionada con las alteraciones de la muda (disecdisis), que cursan con retención o muda incompleta (acompañadas de infección local), en las que suelen estar implicados los factores generales antes mencionados así como traumatismos, ausencia de superficies rugosas en los terrarios y agentes infecciosos o parasitarios. El tratamiento local se basa en inmersión, una o dos veces al día, en agua tibia con povidona yodada al 1%, eliminando suavemente con gasas o cepillo la piel y escamas viejas.
Las quemaduras por contacto normalmente debido a sistemas calefactores mal regulados (piedras calefactoras oplacas en el suelo), deben ser tratadas con pomadas antibióticas con o sin vitamina A.
La enfermedad vesicular (típica de los ofidios) es una forma de dermatitis bacteriana secundaria, a las malas condiciones higiénicas (poca ventilación, contaminación fecal, etc.) y exceso de humedad ambiental, que cursa con la aparición en la superficie ventral del cuerpo de vesículas llenas de líquido claro que con el tiempo se contamina (deben diferenciarse de quemaduras), pudiendo llegar a ser mortal. En general responde bien a la terapia a base de aminoglucósidos (o macrólidos) parenterales, combinados con un tratamiento antibiótico tópico a base de pomadas (cuando las lesiones están secas) o de polvos (para las exudativas), manteniendo al animal en un ambiente más seco y limpio.
La decoloración o los tonos anormales de la piel indican infección, inflamación o abrasiones. Las áreas eritematosas próximas a zonas pálidas son indicativas de septicemia o procesos sépticos que han de tratarse rápidamente con antibióticos sistémicos como gentamicina o amikacina.
La decoloración blancuzca del caparazón, normalmente originada por micosis, se combate con pomadas antifúngicas. En los camaleones se producen decoloraciones en el punto de aplicación de las inyecciones, sin que suponga ningún problema para el animal (aunque siempre es preferible explicárselo al dueño previamente).
Las enfermedades infecciosas específicas del caparazón de las tortugas acuáticas (enfermedad ulcerativa del caparazón y enfermedad ulcerativa cutánea septicémica) provocan la caída de placas y formación de úlceras crateriformes (profundas y extensas), especialmente en la superficie ventral, que favorecen la invasión posterior por todo tipo de patógenos secundarios, que provocan anorexia, parálisis, letargia y muerte por septicemia. Al igual que otros procesos se tratan con toques de betadine al 10%, pomadas antibióticas y un aminoglucósido IM.
Las heridas cutáneas deben ser tratadas precozmente con los antisépticos convencionales para evitar que degeneren en abscesos (con un pus caseoso, denso y sólido) difíciles de drenar y que Ilegan a causar desde osteolisis (con pérdida de dedos) hasta septicemias. Los toques diarios con povidona yodada al 10% o clorhexidina al 0,05% ayudan a prevenir la contaminación profunda de las erosiones del caparazón y extremidades, así como a eliminar los restos de algas adheridos a la piel. En caso de absceso, tras el lavado antiséptico se aplican pomadas antibióticas.
Los ectoparásitos habituales de los reptiles mantenidos en cautividad son las garrapatas y los ácaros rojos o negros (apreciables a simple vista), capaces de vehicular infecciones, producir anemia, prurito nocturno, dermatitis y retención de la muda. La ivermectina no debe administrarse a los quelonios por resultar toxica; se emplean sprays con propoxur o pulverización con carbarilo.
Retención de la escama corneal (espéculo). La ausencia de párpados en los ofidios se compensa con una escama especial (fusión embrionaria de los párpados, vascularizada y lubricada internamente) que protege su córnea; muda al mismo tiempo que el resto de la piel.
Justo antes de la muda, se vuelve opaca y azul-blanquecina, hasta que es sustituida por la nueva estructura transparente. La retención del espéculo se asocia a ambientes muy secos y a la retención de la muda. Jamás se empleara ningún método traumático que suponga el arrancamiento brusco, sino que se busca la hidratación previa alojando al reptil, en un contenedor con temperatura templada y suelo cubierto de papeles o toallitas húmedas. El espéculo se retira con la ayuda de un bastoncillo húmedo.
La blefaritis bilateral es un signo característico de la hipovitaminosis A (se acompañaría de lesiones en vías respiratorias y en mucosa oral), que responde bien a un tratamiento IM de vitaminas AD3E. También puede ser consecuencia de ambientes excesivamente secos y de infecciones. Para que el animal consiga abrir pronto los ojos se pueden aplicar 2-3 inyecciones de gentamicina y dexametasona IM.
Los abscesos aurales o granulomas óticos se observan normalmente en tortugas acuáticas, debidos a una invasión del oído medio (uni o bilateral) por gérmenes procedentes de la cavidad orofaríngea a través de las trompas de Eustaquio. El único tratamiento eficaz consiste en la apertura y drenaje quirúrgico del pus caseoso, precedido de antibioterapia parenteral (gentamicina o enrofloxacino) durante una semana.