Es normal que el terrario de arriba tenga más temperatura. Tendrás fijado al techo del de abajo tanto luces, como sistemas de calor, y esto hace que el calor se transmita al de arriba a través del suelo-techo.
En cuanto a los 41º, no es en todo el terrario, lo que tienes que conseguir es un punto donde si tenga esa temperatura.
Saludos.