Hola Markos, pueden ser miles de factores los que estén produciendo las alteraciones gastrointestinales a tu pogona, desde un nivel de estress elevado, temperatura del terrario baja, parásitos, una infección bacteriana, etc...
Dices que hace 2 semanas juntaste a la hembra con un macho...
En algunas ocasiones puede ocurrir un contagio de una pogona que contenga un determinado tipo de parásitos o bacterias pero que no presente sintomatología ya que su sistema inmune mantiene a raya a este microorganismo y que mediante el contacto fecal/oral haya contagiado a tu pogona que no tiene las defensas preparadas para atacar a este microorganismo...

Lo mejor en este caso, en primer lugar es que mantengas a la pogona hidratada y que la lleves en la mayor brevedad posible al veterinario para que obtenga las muestras necesarias para determinar el tipo de patógeno causante del transtorno, espero que se mejore